Банк одобрил ипотечный кредит, но берет комиссю 2,5 % от суммы за выдачу кредита. При этом, говорит менеджер банка, отсудите потом у банка, делов-то..
Что делать? Ипотека нужна, комиссию платить не хочу

Если вы откажетесь платить комиссию - банк не предоставит кредит. Более того, ДО перечисления денег на счет/закладывания в ячейку вы должны ее уплатить, и только после этого банк даст деньги!
Менеджер правильно вам сказал - отсудите потом. Единственный момент - надо внимательно прочитать договор. Банки хитрые, и стали делать пометки в договорах, что в случае чего, они могут запросить досрочный возврат кредита. Такие ситуации уже стали появляться!

Или другой вариант - есть Банки, которые выдают кредиты с меньшей комиссией за выдачу кредита. Обратитесь в другой банк.

спасибо за совет. договор, да, внимательно прочитаем

Платите комиссию, получайте кредит!
За месяц до истечения 3-х летнего срока с момента получения кредита пишете претензию банку с просьбой возвратить незаконно полученны деньги. Потом обращаетесь в суд, получаете назад комиссию + проценты за пользование вашими деньгами + неустойку за отказ банка от добровольного возмещения.

А с чем связан 3 летний срок?

3 года - срок исковой давности