Насколько проблемно произвести такую замену на Карине Е?...
Есть желание (скорее потребность) взять контрактный двиг, заодно хотелось бы и коробку поменять на автомат...
Возможно ли или оно того не стоит?

Продайте машину с механикой и купите с автоматом. И не наживайте геморрой. В крайнем случае поиском по форуму поройтесь - похожие вопросы тут задаются постоянно, в FAK пора переносить. Ибо ответ - в первом предложении.

Геморно. Хотя некоторые наоборот меняют АКПП на МКПП. Я бы продавал- искал любителя механики. Это сейчас редкость.
Косу нужно будет менять. Если на автомате можно обмануть, то Вам будет не хватать некоторых проводов.