Может отсутствуют компрессионные кольца (забыли поставить) или не развели при установке (если их несколько). Головка же снята, налейте текучей жидкости на предмет уйдет/не уйдет в картер.

неправильно стоят распредвалы/коленвалы , может перепутали ? =)
или дыру в блоке не заметили =))

2. Реально ли так перепутать фазы, чтобы свести компрессию к нулю, но при этом исключить встречу клапана и поршня (на этом моторе клапана гнёт).

2. Реально ли так перепутать фазы, чтобы свести компрессию к нулю, но при этом исключить встречу клапана и поршня (на этом моторе клапана гнёт).

на хондах бывает такой прикол, что распред на 180 градусов проворачивает, срезает шплинт, машина не заводиться вообще, а клапана не гнет

Не, навряд ли ЦПГ, ведь не могли же собрать неправильно кольца или поставить убитые поршня?

Похоже проблема в гбц с клапанами, при такой низкой компрессии. Кстати компрессометр ловит даже очко.
Кулачки распредвала наваривали? если восстанавливал кулачки, то могли ошибиться с фазами или при шлифовке или при установке валов.

Где головку делал? Причину связанную с ремонтов гбц не рассматриваешь? На плоскость проверяли? Если втулки недостаточно развернули возможно зависание клапанов или клапана большего диаметра.

Их бы снять и посмотреть наличие наклепа на стержне. Возможно неплотное прилигание к седлу, при ручной притирке с перекосом. Клапана оригинал?

я просто сделал предположение, и дал вам ссылку на информацию....

может вживую посмотреть со снятой крышкой гбц медленно проворачивая коленвал, как работают клапаны и в каком положении поршни ?

Если делал Автокор, то с гбц не должны накосячить. Хотя втулки они разворачивают под номинал, а диаметр стержня клапана может быть чуток больше и зазор не достаточен, надо было промерить перед установкой диаметр стержня клапана.
Я бы сначала копал 2-цилиндр, ноль - это явно где-то травит.
Возможно гбц плотно не прилигает к прокладке из-за того что вытянуты ее болты или в резьбах масло, а оно как известно не сжимаемо или прокладка частично не подходит.
Рассухарь клапана и проверь их свободный ход в разных положениях и диаметр стержня клапана в разных точках сравни с доками, а так же его длину. Что-то АЕ нет веры, надо их проверять и проверять. Было бы неплохо все клапана в дефектных цилиндрах проверить на биения.

Масло в головку поступает, на вал, на рокеры?

Ну, вообще отлично, что причина несерьезная.
Как теперь мотор работает?

Наличие искры проверьте правильно.
Искра должна пробивать промежуток в 5 - 7 миллиметров.

Компрессия 12 что-то маловато, мерили с закрытым или открытым дросселем? Хотя для нового мотора возможно нормально, потом обкатается, компрессия вырастит.
По зажиганию, измерь сопротивление всех ВВ проводов (для проводов с распределенным сопротивление будет единицы кОм), если неаккуратно сдергивали, то могли подорвать жилу. Иска будет, но слабая, воздух пробьет, а в горшке пропустит.

форсунки и свечки можно попробовать перекинуть на другие цилиндры, живые.

зато исключит их из вероятных виновников.
может еще клапаны все же зависают, например, в глючных цилиндрах ?
еще идея - рампа забилась до форсунок, 1 и 4 это рядом форсунки (двиг V) ? или проводка .. осцилографом понаблюдать за управлением форсунками.

Про клапаны зависают - попробую замерить компрессию на ХХ,

Это... как это
Может имел ввиду измерение разряжения во впускном коллекторе?

Провода, свечи живые, значит трамблер, попробуй заменить крышку... возможно в ней плохой контакт с вв проводами или подгорели контакты изнутри?
Зажигание бесконтактное?

Компрессометр имеет обратный клапан и рассчитан на измерение максимального давления. Даже если вкрутить в свечное отверстие просто манометр, то его стрелка будет прыгать от 0 до мах, что тоже бессмысленно.
Разряжение во впускном коллекторе можно измерить вакууметром, делали на сто, или считать с ЭБУ авто, если этот параметр там есть, по идеи должен быть, раз стоит распределенный впрыск.
Нет, причина не в зависании клапанов, а в системе зажигания, и похоже тоже лежит на поверхности.Кстати вопрос, мотор родной от этого кузова? те впрыск стоял изначально?