... проектный отдел в штатном расписании есть ..
- главный инженер проектировщик
- инженер проектировщик и т.д.
Куда отнести затраты по содержанию этого отдела??..

Вариант - оформить официально их как просто инженерами без слова "проект" - отпадает. Все эти люди хотят, что бы это слово присутствовало в названии их должности.

В дальнейшем планируется открытие филиала от той организации, в которой эта лицензия есть..
может списывать расходы на расходы будущих периодов, а потом "продать" их этому филиалу одновременно с переводом туда сотрудников отдела???..

Возможные решения:
1) сократить весь отдел.
2) Ну чем то они сейчас занимаются? Или кого-то интересует
связь между названием должности и наличием лицензии?