Насколько критично, если в счет-фактуре постащик выставил юр.лицу другой КПП (например, выставил стандартный - 540601001), а юр.лица 540602003?

Налоговая при проверке скорее всего не примет к вычету и доначислит. Вы удивитесь, так как в составе показателей счетов-фактур, перечисленных в ст. 169 НК РФ, КПП вообще не упоминается. И пойдете в арбитраж. Суд, как показывает практика (например, постановления ФАС ДО от 20.09.2006 №Ф03-А51/06-2/3065, ФАС ЗСО от 19.12.2005 №Ф04-9053/2005(17997-А75-34), ФАС СЗО от 17.10.2005 №А56-6717/2005, ФАС Поволжского округа от 24.02.2005 №А55-12857/2004-29), примет решение в Вашу пользу.

Вот так будет. А "критично-не критично" подобное развитие событий - сами оцените.

Спасибо!