У меня такой вопрос: выгодно ли в настоящее время организациям использовать овердрафт , или лучше все-таки изыскивать внутренние резервы? Кто-нибудь может поделиться опытом расчета процентов и комиссий за использование овердрафта?

ну во всех банках по-разному.
в НВТБ, например: 0,07% от суммы платежа,
мин 7 руб. за операцию, 19% годовых на остаток ссудной задолженности

То есть , если взяли овердрафт для платежа 1млн, (для чистоты эксперимента допустим, что своих денег насчете почти не было)то в этот день начисляется комиссия 0,07%. , т.е. 700 руб. И если задолженность по овердрафту составит , например, 20 дней, то 1млн х 19% /365 х 20=10410. Общая сумма затрат составит 11110. И, если берем следующий транш, то опять начисляется комиссия 0,07%. Правильно я поняла?

Овердрафт выгоден предприятиям розничной торговли с большими объемами продаж. Обычно используется для расчетов с поставщиками за товара.