Очень частосталкиваемся со счетами у которых НДС отличается от выделенного НДС при оплате, (в 1с или Клиент-Банке) как правило у нас считается на пару копеек больше чем в счёте к оплате, как быть в такой ситуации? вписывать в платёжку НДС вручную как указоно в счёте, либо платить с НДС чуть большим? и от чего это происходит?

Я думаю, это происходит из-за округления при расчете суммы НДС по каждой позиции в счете. Если количество строк велико, расхождение может составлять и не пару копеек. Мы в таких случаях указываем сумму НДС, как в счете поставщика, т.к. потом нам будут выданы документы с такой же суммой НДС, как в счете.

ну я то же думаю , проще указать как в счёте да и всё