Итак, ситуация следующая:
Есть автомобиль А, куплен в кемеровской области. При постановке на учёт в новосибирском МРЭО выясняется что в кемеровской области существует автомобиль Б с точно такими же номерами кузова и двигателя. Номера у автомобиля Б перебиты, при этом он поставлен там на учёт.
Автомобиль А прошёл здесь экспертизу, которая показала что номера двигателя и кузова подлинные.
Автомобиль А поставлен здесь на временный учёт, таксказать "до выяснения".

Вопрос в сущности в том, каковы перспективы владельца автомобиля А быть поставленным на нормальный постоянный учёт?

откуда информация у Вас про автомобиль Б?

Все авто, которые приходят в НСО из других регионов ставят на временный учет на предмет: правильно ли был снят авто там...(стоял ли он там)
я "с рук" из Иркутска пригонял - авто стоял на временном 2 мес.
точно также пригнал "с рук" из Владика - машину поставили сразу же на постоянный... т.к. воВладике она 6 месяцев бегала с номерами, а до этого в Японии

Исходя из той информации, которую Вы предоставили оснований для отказа в постановке на учет нет.

samalet, отказа как такового нет,
есть постоянное продление временного учёта.
А где можно посмотреть перечень причин для отказа в постановке?

Например вот это:

Приложение
к Приказу МВД России
от 27 января 2003 г. N 59

ПРАВИЛА
РЕГИСТРАЦИИ АВТОМОТОТРАНСПОРТНЫХ СРЕДСТВ
И ПРИЦЕПОВ К НИМ В ГОСУДАРСТВЕННОЙ ИНСПЕКЦИИ
БЕЗОПАСНОСТИ ДОРОЖНОГО ДВИЖЕНИЯ МИНИСТЕРСТВА
ВНУТРЕННИХ ДЕЛ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ

(в ред. Приказов МВД РФ от 22.12.2003 N 1014,
от 19.01.2005 N 26, от 26.03.2005 N 208,
от 04.06.2007 N 488,
с изм., внесенными решением Верховного Суда РФ
от 10.10.2003 N ГКПИ 2003-635)

п. 17.

При обнаружении признаков скрытия, изменения, уничтожения маркировки, нанесенной на транспортных средствах организациями-изготовителями, не зарегистрированных в Госавтоинспекции, либо подделки представленных документов, регистрационных знаков, несоответствия транспортных средств и номерных агрегатов сведениям, указанным в представленных документах, или регистрационным данным, а также наличии сведений о нахождении транспортных средств, номерных агрегатов в розыске или представленных документов в числе утраченных (похищенных) регистрационные действия не производятся <1>. Такие документы, регистрационные знаки задерживаются. С документов снимаются копии, а их оригиналы (регистрационные знаки) вместе с сообщением об обнаружении признаков преступления передаются в орган внутренних дел по месту их обнаружения для проведения необходимых действий и принятия решения в порядке, установленном законодательством Российской Федерации <2>.
--------------------------------
<1> Указ Президента Российской Федерации от 15 июня 1998 г. N 711 "О дополнительных мерах по обеспечению безопасности дорожного движения" (Собрание законодательства Российской Федерации, 1998, N 25, ст. 2897; 2002, N 27, ст. 2679).
<2> Уголовно-процессуальный кодекс Российской Федерации (Собрание законодательства Российской Федерации, 2001, N 52 (ч. I), ст. 4921; 2002, N 22, ст. 2027; N 30, ст. 3015, 3020, 3029).

Регистрационные действия с транспортными средствами, имеющими признаки изменения нанесенной на них маркировки вследствие естественного износа, коррозии, совершаются на основании постановлений об отказе в возбуждении уголовного дела и справок (заключений) экспертно-криминалистических подразделений органов внутренних дел об исследовании маркировочных обозначений, подтверждающих данное изменение.

Меня бы временный учет не напрягал. Это для них он временный, а на собственнике это никак не сказывается. С временным учетом машина допущена к дорожному движению, не ограничена во владении, пользовании и распоряжении.

НПП

подскажите, плиз, я на учет машину могу поставить в любом ГАИ (или как там оно называется) или только по месту прописки?

По месту прописки...

Можно по временной регистрации, но там нужно подттверждать каждый раз ее...

Можно по регистрации по месту жительства, можно по регистрации по месту пребывания, но не забываем про категори Бородина.

samalet, в распоряжении машина всёж ограничена - продать её нельзя, ПТС в ГАИ хранится.
Хотя по большому счёту это не напрягает, напрягают фразы "перебиты номера... будем разбираться... машина-двойник... по этим документам вторая машина...."

До окончания проверки только временная регистрация. Разберутся кто из вас ху, кого в тюрьму, кого на белый пароход в большое плаванье. Будут долго разбираться жалобу на бездействие в прокуратуру или суд с одновременным требованием о постановке на учет, т.к. их бездействие нарушает Ваши гражданские права.

кстати, Вы не в курсе, существуют ли какие-то предельные сроки для этих разбирательств? Сколько может продляться временный учёт?

Срок временного учета равен сроку разбирательства. Если дело уголовное, то срок следствия 2 месяца, но могут продлить еще если есть что проверять, только не успевают. По итогам дознания или следствия выносится постановление, которое и является основанием для окончания временного учета.