Если организация составляет дополнительное соглашение к трудовому договору, в котором прописывается снижение заработной платы. (Без изменений функционала и рабочего времени работника). Работник подписывает, проработав какое- то время, узнает, что соглашение нарушает существенные условия трудового договора и подает на компанию в суд. ИТОГ КАКОЙ? Организацию проверят трудовая, налоговая? Работнику компания выплачивает все, что не доплатила + моральный и судебные издержки? Прецеденты были в Новосибирских судах?

Причем тут трудовая и налоговая инспекции. Обращался в суд - получит решение суда.
Согласно статье 9 ТК, в трудовой договор нельзя включить условия, ограничивающие права или снижающие уровень гарантий работников по сравнению с установленными трудовым законодательством и иными нормативными правовыми актами. Но эта статья не запрещает работнику и работодателю заключить соглашение, снижающее работникам уровень гарантий, которые установлены трудовым договором (в том числе и размер заработка). Надо всегда смотреть что подписываешь. Потом не придется кричать "грабют".

Раз Вы подписали такое доп. соглашение к труд. договору, значит Вы согласились с тем, что там написано. И что Вы потом в суде будете говорить, что Вас заставили это сделать?..
Были не согласны, не надо было подписывать.

Работник подписывает, проработав какое- то время, узнает, что соглашение нарушает существенные условия трудового договора и подает на компанию в суд. ИТОГ КАКОЙ?

какие конкретно условия оно нарушает?
чтобы спрогнозировать итог разбирательства, вы бы хоть предмет и основание иска написали, что просит работник и на основании чего... иначе бредовая тема.