Предприятие находится на УСН, хочет открыть обособленное подразделение в Каргате. Согласно письму Минфина России от 03.10.2006 № 03-11-04/2/196 , обособленные подразделения, которое не является филиалом или представительством, а также не указано в учредительных документах, данная организация вправе применять УСН. Но меня смущает то что Каргат это другое муниципальное образование. Куда будет производиться уплата налогов? согласно ст 226 п3 НК РФ НДФЛ перечисляется в налоговую по месту нахождения обособленного подразделения.

Все запреты на применение УСН четко прописаны в НК РФ. В частности, ст.346.12 не содержит запрета на применение УСН организациями, имеющими обособленные подразделения (не филиалы и не представительства). Так что создавайте обособленное и применяйте УСН. Проблем нет.
Уплата единого налога производится исключительно по месту нахождения организации.

а налогов с зп?

Все налоги, кроме НДФЛ платятся по месту регистрации организации, НДФЛ по месту регистрации обособленного.