Вопрос встал такой: есть возможность взять в "аренду" почти безвозмездно помещение у гос учреждения. Предприниматель за помещение сделает ремонт помещения. Помещение будет использоваться как магазин. Вопрос в том как это оформить. Договор аренды нельзя - так как "арендодатель" не имеет права на коммерческую деятельность, а договор нужен, так как ИП на ЕНВД,

Скорее всего собственником является администрация района, госучреждение является балансодержателем этого помещения, если так то нужно заключать трехсторонний договор где аренодателем будет собственник.

Администрация района не может быть собственником помещения. Во-первых, узнайте чья собственность это помещение: муниципальная или госуд=ная. От этого и "плясать" надо.

Поликлиники, больницы это муниципальная или государственная собственность?

есть и то, и то. уточните, можно ЛС.