имеется договор подряда с физлицом (Из Улан-Удэ) на выполнение строит. работ в Иркутске.
Будут ли облагаться выплаты НДФЛом:
- суточные (по договору предусмотрены)?
- проживание в гостинице (предусмотрено в договоре, что расходы по проживанию несет заказчик)?
- проезд (то же самое... несет заказчик)?

И как должен отчитаться подрядик по этим суммам?

Все суммы возмещения физлицу затрат в рамках договора облагаются НДФЛ (резиденты - 13%, а нерезиденты -30%). На эту тему есть несколько писем Минфина. Обосновывается это тем, что оплата организацией расходов на проезд и проживание, предусмотренных заключенным с физлицом договором подряда, непосредственно связана с получением им дохода по такому договору. Следовательно, подобная оплата производится в интересах физлица, поэтому компенсация данных затрат признается его доходом, полученным в натуральной форме, с которого организация должна удержать НДФЛ. При этом налогоплательщик - исполнитель работ имеет возможности заявить профессиональный налоговый вычет, если у него на руках будут документы, подтверждающие его расходы, а если все расходы оплатит организация заказчик, то исполнитель заявить вычет не сможет, поскольку у него отсутствуют документы, подтверждающие факт несения расходов им лично.
Существует так же судебная практика по данному вопросу, которая единодушна в том, что возмещение затрат на проезд и проживание исполнителя по договору подряда не является вознаграждением, а направлено на компенсацию расходов, понесенных им в связи с исполнением договора. Поэтому указанные компенсационные выплаты не облагаются НДФЛ .
Так, что если без возможных споров с ИФНС, то все выплаты (в т.ч. и компенсационные) облагаются НДФЛ. Если готовы поспорить в будущем - то можно не облагать.

Во-первых, лицо, выполняющее работы по договору подряда, не является сотрудником организации (с ним не заключен трудовой договор). Поэтому данное лицо не имеет право на получение суточных.
Во-вторых, все выплаты в пользу этого лица являются вознаграждением по договору подряда. Это и оплата за работу и компенсация любых издержек, связанных с исполнением договора.
Расходы на проезд и проживание должны быть подкреплены документами: билетами, счетами из гостиницы. На их основании производится компенсация данных расходов . При этом подрядчик может составить либо смету данных расходов, либо отчет с приложением этих документов, либо в акте выполненных работ перечислить эти расходы. В любом случае все эти расходы будут являться вознаграждением физ.лицу по договору подряда.
И, соответственно, это вознаграждение подлежит обложению налогом на доходы физ.лиц.
Однако, ст.221 НК РФ позволяет получить налоговые вычеты по возмещаемым расходам. Для этого физ.лицо должно написать заявление на предоставление профессиональных налоговых вычетов организации, которая выплачивает ей доход. В этом случае НДФЛ с расходов на проезд и проживание будет компенсироваться проф.вычетом. А значит, облагаться НДФЛ будет только чистая оплата за труд.
Только во всех отчетах и актах надо обязательно разделять оплату за труд и сумму возмещаемых расходов.