У меня есть ООО с конца 2008 года, у которой нет никакой деятельность. В плоть до сегодняшнего дня я всегда сдавал нулевые отчеты. Теперь, в соответствии с ФЗ312, ООО надо перерегистрировать. Я заплатил все госпошлины и подготовил все документы. Принес в налоговую, а мне говорят, что нужен еще авансовый отчет. Я не бухгалтер и просто хочу самостоятельно составить все документы. Помогите пожалуйста разобраться со следующими вопросами:

1. Если сделать авансовый отчет и внести в него расходы на госпошлины, то как это будет сочетаться с моей нулевой отчетностью? Ведь в отчетности в налоговую я всегда указавал, что у меня нет никаких расходов ни доходов.

2. Квитанция за услуги нотариуса у меня не сохранена. Как мне тогда вносить этот расход если официально он у меня не подтвержден?

3. Если расход на госпошлину был 15 декабря, то какую ставить дату в анасовом отчете? Задним числом его заполнять?

4. В организации я один. Кого я должен указать в отчете в полях подотчетное лицо, главный бухгалтер, и бухгалтер?

5. На какой счет списывать расходы за нотаруиса и госпошлину?

Модное слово "перерегистрация" - это всего лишь внесение изменений в устав.
Для регистрации новой редакции устава/изменений никакой "авансовый отчет" не требуется.
А требуется, см. N 129-ФЗ "О государственной регистрации ..." от 8 августа 2001 года статья 17:
а) заявление
б) решение
в) собственно изменения
г) платежка

Что-то в налоговой говорят совсем другое. Зачем тогда форму 13 требуют?

"Форма 13" - это заявление на гос.регистрацию изменений в учредительные документы. Подается при внесении любых изменений в устав. А требование при регистрации изменений авансовых отчетов и прочих документов, не предусмотренных 129-ФЗ - нарушение законодательства.
В налоговой могут говорить что угодно. Им не впервой.

Форма 13 необходима, поскольку в уставе появились изменения , и она подтверждает вашу цель-перерегистрацию

Перерегистрация-один кабинет, сдача отчетности-другой... Где потребовали авансовый отчет?

Требование незаконное, но похоже живучее. Помню в кировской требовали авансовый отчет при оплате госпошлины наличкой, через сб/банк. Дабы "подтвердить оплату из средств ООО". Смысл похоже только им известен.

Скорей всего они запросили оригиналы документов об уплате гос.пошлины. Вы скопируйте эти док-ты и оставьте себе с пометкой что оригиналы в налоговой. А оригиналы предоставьте в налоговую вместе со всем комплектом документов для перерегистрации.