Скажите,если я проживаю в одной квартире, а прописана в другой,как я должна оплачивать услуги жкх?

платить за обе....
за мусор, воду - там где живешь или по счетчику

Не совсем так.
Может быть 2 квартиры в собственности. Тогда платить обязан сам за обе по счетчикам и/или тарифам. Причем за все: за отопление, воду, мусор, электричество, капремонт здания... И неважно, что одна квартира сдается, платить за нее все равно обязан собственник, а не Вася, который там временно проживает.
А может быть, что в собственности, например, трешка (где и прописан), ее сдаешь, а сам живешь в съемной однокомнатной. Ну мало ли, причин масса, самая простая - нехватка денег. Тогда платить надо только за свою.
А уж как перетекают деньги из кармана арендатора в карман собственника, как они на чем договорились - это уже второй вопрос, к порядку оплаты услуг ЖКХ не имеющий ровно ни малейшего отношения. В случае ЖКХ обязанность оплачивать услуги возлагается на собственника (или владельца по договору соцнайма для неприватизированных квартир) , а не их реального потребителя.