ООО без офиса с юр. адресом у директора. Можно ли брать в аренду компьютер, принтер у физ. лица и вносить это в себестоимость услуг. Не будет ли каких либо лишних вопросов если я буду его дорого арендовать? Я так понимаю что физ лицо должно 13% отдать государству.

Можно брать в аренду и затраты относить на себестоимость.
Если дорого арендовать - вопросы могут возникнуть.
Правильно понимаете - 13% НДФЛ с суммы дохода физлица платить придется.

Предлагаю вариант выплаты компенсации за использование имущества сотрудника ...Насколько я помню,налог с дохода в этом случае не удерживается.(необходимо посмотреть в НК по этому поводу )! А оформить соглашением к трудовому договору ,актом и приказом по предприятию.

Прочтите ст.217.п.3 Налогового кодекса...