Есть договор с фирмой осуществляющей агентскую деятельность с комиссией 100% - т.е все что они продали они получают себе. Я денег не получаю. Считается ли их оборот моим доходом, а комиссионные расходом, или это просто целиком их доход?

Их оборот ваш доход, комиссионные расход.

Ситуация в общем такая - есть сервис по продаже купонов на скидку. Они продают купоны за 100 руб, я по этим купонам даю скидку своим клиентам. Люди расплачиваются с этим сервисом.

Получается я должен платить по 6 руб с каждого проданного ими купона? А каким образом налоговая может узнать об этих деньгах если по поему р\с \ кассе они никак не проходят?

А комиссионный договор - это чья идея?
Продавайте им эти купоны по рублю и никаких комиссий.