На руках есть определение Мирового судьи от 30.03.11 о принятии к производству искового о взыскании недоимки, поданного 23.03.11.

Я так понимаю, что здесь как минимум два косяка:
1. Неподсудность
2. Пропуск 6-мес. срока (истек 13.09.2010 - срок уплаты второй части НДФЛ)

Основываюсь на НК в редакции от 29.11.2010 N 324-ФЗ: "заявление о взыскании подается в суд общей юрисдикции налоговым органом в течение шести месяцев со дня истечения срока исполнения требования об уплате налога, сбора, пеней, штрафов".

Сомнения в том, что, следуя моей логике, какие то уж очень грубые косяки...
Поправьте, если я ошибаюсь, пожалуйста?

Ошибаетесь
1. Пункт 1 части 1 ст.23 ГПК
2. Срок неправильно исчисляете - часть 4 п.4 ст. 69 НК