Никогда с этим не сталкивалась в работе. Подскажите пожалуйста, на какую сумму правильно оформить счёт-фактуру на аванс. Мы - продавец. Покупатель должен нам, допустим, 3 тысячи. Он нам платит 4 тысячи по другому счёту, по которому ещё не было отгрузки. Я выставить должна счёт-фактуру на 1 тысячу?

Что вам мешает зачесть 3000 на прошлую отгрузку, а 1000 на аванс.
Хотя если вы ведете учет в разрезе счетов, именно 4000 будет авансом.