Ссно, вопрос в теме.

Сразу оговорюсь, что рассматриваю два случая, - когда работы, которые выполняет физик входят в перечень работ, для которых необходим допуск СРО, и когда в таковой не входят. В первом случае понятны проблемы с самой СРО, недействительность договора и все из этого вытекающее. Что может быть ещё?
А во втором случае?

Что может быть ещё?
например, непризнание налоговым органом расходов по такому договору в целях налога на прибыль

А во втором случае?
тогда ничего страшного, только для физика может быть проблема, что его деятельность признают предпринимательской и выкатят административный штраф или уголовку