вопрос: ООО (1) на ОРН дает (в "аренду") участок ООО (2) на УСН,
ООО (2) выступает как застройщик-заказчик и строит производственный объект (не жильё)
за услуги застройщика-заказчика получает некоторое вознаграждение (которое является доходом 6%) + целевое финансирование от ООО (1), которое не облагается пп. 14 п. 1 ст. 251 НК РФ.
ООО(2) строит через подрядчиков, потом всё построенное передает ООО(1).

Со стороны налогового законодательства не будет сложностей по вопросу не признания "застройщиком-заказчиком"? Могут ООО(1) признать "инвестором-застройщиком"?
например, застройщиком-заказчиком признают только по 214-ФЗ закону, данный закон распространяется только на жилищное строительство, а по 39-ФЗ говорится только о "заказчике".
а градостроительный кодекс говорит только о "застройщике".

Объект кому в итоге отойдет? Для кого строят?

какого рода сложности имеешь в виду?
была практически аналогичная ситуация, правда все участники процесса были на ОСНО, никаких проблем с налоговыми органами не было, если не считать таковой камеральную проверку инвестора (в твоем примере ООО1), которую успешно прошли

"... потом всё построенное передает ООО(1)."

написал в личку...

по вышеназванной схеме "инвестор" ООО(1) + "застройщик-заказчик" ООО(2) - это строительство подрядным способом. Проблема в том, что у заказчика-застройщика нет земли ((((, ему ее как-то непонятно дал на период строительства инвестор.

по схеме: "инвестор-застройщик" + "заказчик" - это договор подрядный или хоз.способом признается?
(заказчик заключает договоры подряда с подрядчиками)