Добрый вечер! Недавно нашла задолженность по земельному налогу (штраф) аж за 2006 год. Как его можно списать, ведь прошло уже более 3 лет?

В смысле нашли? А что в справке о состоянии расчётов по налогам и сборам?

Взяли справку из ФНС, начали копать, оказалось штраф за невовремя сданную декларацию за 2006 год.

Ну если вы его не платили, то требовать уже с вас его не имеют права, поэтому пишите письмо, чтобы "списали". А если вы уже заплатили, то всё, поезд тоже ушёл. Но тогда у вас всё должно быть "по нулям", если остальное платили вовремя (ну или в плюсе, если переплата).