Собственно клиент оплатил сумму большую, чем надо.
У меня УСН 15%, как правильно вернуть часть денег обратно ?
И как считать доходы/расходы в этом случае ?

Клиент пишет письмо - прошу вернуть переплату в сумме... на следующие реквизиты....
В платежке пишете - возврат денежных средств по письму №... дата...
В КУДиР попадет сумма изначальной оплаты в доход, возврат в доход с минусом.