заказчик попросил сторнировать все отгрузки за март-сентябрь.
сторнировали.
сейчас у бухгалтерии просит сторнировочные нулевые счет-фактуры. зачем они ему?
если фактически получается, что нет отгрузки

видимо они у него проведены (период закрыт, отчеты сданы в налоговую) и для того, чтобы их убрать нужно основание. Этим основанием и является корректировочные счета-фактуры

убрать просто так нельзя счет-фактуру? выкинуть из книги покупок или вложить "копию".
всё равно по копии с/ф НДС нельзя забрать

корректировочная - когда сумма корректируется, а когда аннулируется с/ф?

если они на ОСНО, то они уже включили НДС в декларацию по НДС и прибыли. Просто так выкинуть ничего нельзя. Для этого и придумали з-н с 2011 года про исправительные и корректировочные счФ. Когда сумма корректируется - это исправительная счФ. А они хотят видимо корректировочную . нужно узнать, что они понимают под этой фразой. Если вы не хотите выставлять корректировочную с нулевыми суммами (надо почитать возможно ли такое), то предложите обратную реализацию сегодняшним числом или возврат товара.

Не всегда, когда корректируется сумма, это исправленная с/ф.
Сумма может корректироваться в 2-х случаях и от этого зависит корректировочный или исправленный счет-фактуру выставлять:
1. Корректировочный с/ф выставляют по согласованию сторон.
В данном случае, корректировочный счет-фактуру составляют при условии, что изначально этот документ был оформлен правильно. Но потом стороны изменили условия сделки в отношении цены или количества товаров. И показатели пришлось уточнить.
2. Исправленный с/ф поставщик выдает покупателю, если в первоначальном документе по ошибке указали неверные данные (п. 7 Правил, утв. постановлением Правительства РФ от 26 декабря 2011 г. № 1137).