Есть здесь бухгалтер, который работает в организации, являющейся налоговым агентом по аренде муниципального имущества?

Наша организация арендует помещение у Департамента зем.и имущ.отношений. Аренеду платим вовремя и ежемесячно, а вот НДС не платили уже больше года.
Вопрос в следующем:
Т.к. наша организация длительное время не платила сам налог в бюджет, соответственно к вычету НДС не принимали, а в конце года оплатила сразу всю сумму и должны принять к вычету НДС целиком, исходя из суммы оплаты.
Счет-фактуру от департамента мы должны делать сами и делали ее, вкладывая в книгу продаж по факту оплаты самой аренды, а сейчас какую с/ф мы должны вложить в книгу покупок, после оплаты налога?
Делать заново по дате оплаты налога в бюджет?
Интересует именно дата с/ф. Какой датой принимать к вычету НДС в книге покупок?

Насколько я знаю, счета фактуры необходимо сформировать помесячно, помесячно их все зарегистрировать в книгах и сдать уточненки по НДС за каждый квартал. И не забыть проплатить все пени за несвоевременную уплату.

нет, к сожалению, все немного сложнее

счет-фактура, составленный налоговым агентом, регистрируется в книге продаж того квартала, в котором возникла обязанность по исчислению НДС (п. п. 2, 3 и 15 разд. II Приложения N 5, утв. Постановлением N 1137).
При принятии к вычету уплаченного налога счет-фактуру регистрируют в книге покупок (п. 2 разд. II Приложения N 4, утв. Постановлением N 1137).
т.е. сч/ф одна и та же, но при уплате налога надо будет еще заполнить строку 5 "к платежно-расчетному документу N _ от ...". В этой строке арендатор должен указать номер и дату платежки, на основании которой он перечислил арендную плату .

/п.9/
т.е я в течении года, каждый месяц оплачивала аренду и регистрировала с/ф в книге продаж каждый раз, как была произведена оплата, т.е с/ф у меня № такой-то от 10 января, февраля и т.д. до декабря. В октябре мы оплатили НДС и я должна все те с/ф, которые у меня в книге продаж заново распечатать с теми же датами, только вбить дату платежа и внести в книгу покупок за 4 квартал?

Распечатывать по-новой не надо, можно от руки вписать. А в остальном верно.
К начислению по декларациям за 1-3 кварталы показывали?

Если да, интересно, почему налоговая раньше не наказала за неуплату?

Если да, интересно, почему налоговая раньше не наказала за неуплату?

Они и наказали
Списали сами...со всеми пенями