Вопрос: почему иногда бывает двойная нумерация дела в суде?
например: 9-820/2015 ~ М-5087/2015,
а иногда просто: 9-820/2015

Одна нумерация входящего документа. Вторая нумерация дела.

Буквенный индекс М и цифровой индекс 9 равнозначны, такой индекс присваивается материалам после поступления их в суд и до возбужения производства по делу, после возбуждения производства делу присваивается новый цифровой индекс (от 1 до 8 и от 10 до 15)