Переводим сотрудника на основную занятость, что написать в трудовой, при учете того, что записи о совместительстве не было?

Вы должны сначала расторгнуть трудовой договор по совместительству, потом заключить новый ТД по основному месту работы. В трудовой книжке делаете обычную запись о приеме. Если сотрудник просит, то можно и записи о работе по совместительству вносить в трудовую книжку.