Скажем, имеется некий сайт с несколькими тематическими разделами. Какая разница между тема.домен.ком и ццц.домен.ком/тема? Что дает один вариант по сравнению с другим?

хотябы тем что тема.домен.ком может иметь отличный от ццц.домен.ком IP.

И что это дает?

А еще есть различия?

тема.домен.ком это отдельный домен, и для поисковиков он будет отдельным, независимым от домена домен.ком, а директория ццц.домен.ком/тема это часть домена ццц.домен.ком

По идее это вообще могут быть два разных сайта, а может быть один и тот же, смотря какая панель управления стоит на хосте

Субдомен лучше папки:
на случай переезда при условии сохранения старого имени (проще и для посетителей и для тебя)
Субдомены гораздо лучше индексируются поисковыми серверами, в отличии от страниц в папках пользователей. Есть еще пара плюсов в разнице индексации: начнешь - увидишь
Лучше работать с рекламодателями (если сайт того стоит. Понятно, что если рекламодатели будут платить достаточно, ты вскоре купишь свой домен)