Как перейти с одного хост-провайдера (интернет-сибири) на другой? Как домен переноситься? Какие проблемы могут возникнуть?

если домен .cis.ru или .54.ru , то, наверное, никак

домен второго уровня *.ru, просто мне тогда через них удобнее было зарегестрировать доменное имя

Если домен на Вас зарегистрирован, то не должно быть никаких проблем с переходом. Зайдете на nic.ru и укажете там DNS своего нового провайдера.

1. Необходимо сразу же договориться о трансфере домена. Если у Вас нет персонального экаунта у регистратора, лучше его завести - и перевести домен на себя.
2. Заключаете договор с новым хостером. Сразу же узнайте у него о бонусах/помощи при переезде от другого хостера. Многие хостинг-компании оказывают помощь при переезде, либо дают месяц-два хостинга бесплатно в этом случае.
3. Поднимите сайт/сайты на новом хостинге, пропишите все почтовые экаунты и т.п. Убедитесь в работоспособности проектов. После этого меняйте записи NS для домена у регистратора.
4. После того, как убедитесь, что сайт грузится с нового места, можно разрывать контракт со старым хостером.