В трудовом договоре было указано в графе "Особенности режима рабочего времени" - неполный рабочий день 4 часа с 14.00-18.00
Как документально закрепляется другой график (2 дня/3 дня), если о нем была устная договоренность?

Внесением изменений в ТД, вестимо. То есть пишется новый вариант ТД, подписывается с ОБЕИХ сторон - и старый при Вас отправляется в шреддер. Документально - пока нет нового ТД или он не подписан ОБЕИМИ сторонами, действует старый.

Ну вы сказанули, новый ТД, шредер... Вариант дополнительного соглашения к ТД никак? Через доп.соглашение и оформляются внесения изменений в ТД. Тем более речь идет о режиме рабочего времени, а это одно из обязательных условий, указывающихся в ТД.