Собственно суть вопроса в заголовке.
Автоперевозчик муниципальный решили передать частнику, человек из родственников главбухом там работает с незапамятных времён, тут месяц назад увольняют директора(причины не знаю), переводят его зама в администрацию в транспортный отдел, главбуха делают ИО, и через 3 недели принимается решение о передачи предприятия.
Какие обязанности перед работниками нынешними несёт муниципалитет?

А что с работниками. Смена собственника (приватизация) предприятия не является основанием для прекращения трудового договора с работниками. А дальше новый собственник назначит директора (или сам им станет) и директор будет решать нужны ему столько работников или нет. Если нет, то по сокращению пусть увольняет. Порядок сокращения подробно описан в ТК РФ. Есть категории работников, которые нельзя увольнять, кроме случаев ликвидации работодателя.