Более 2-3 лет стоит во дворе брошенная машина, правда на номерах. Некие люди там ночуют, вчера пришел хозяин и выбросил весь хлам из машины рядом с машиной. Звонила в ГАИ, сказали это не к ним.Куда обратиться, чтоб ее увезли?

Никуда. Формально машина имеет хозяина. Какие основания ее куда-то увозить? Потому что просто Вам этого захотелось?

Незаконно: ночью за трос и на дорогу вытянуть, а оттуда уже ГИБДД обязано будет ее эвакуировать.