Написал в налоговую запрос с просьбой разьяснить как правильно посчитать налоги.
Расписал всю схему работы в деталях на три листа со всеми нюансами, и задал один единственный вопрос:

На основании изложенного выше, просим Вас пояснить следующее:

1. Имеем ли мы право, на основании ст. 251 НК Доходы, не учитываемые при определении налоговой базы не учитывать, указанные поступления на наш расчётный счёт при определении налоговой базы?

Ответ следующий - Налоговая инспекция не занимается трактованием налогового законодательства, а занимается исключительно его исполнением. Платите налоги так как считаете правильным, если что-то не доплатите, то при выезной проверке Вам доначислят.

Также сказали, что если Вас этот вопрос сильно интересует можете написать письмо в Минфин в Москву и попросить разъяснений у них. Короче я вшоке, как быть?

Странно от юриста слышать такие вопросы. Вам налоговый кодекс не доводилось в институте в руки брать?

Во первых я не юрист. Во вторых законы в нашей стране не имеют однозначного толкования и применять налоговый кодекс к моему ИП будет налоговая, а не юрист или налоговые консультанты.

А, что с налоговой сняли обязательства разъяснять НК?

Можете указать НПА который обязывает налоговую разьяснять налоговый кодекс. И как следует поступать, если они не хотят его разьяснять?

Нужно не ставить самого себя в тупик, а сходить к хорошему налоговому консультанту, который за денежку вам все на пальцах расскажет и расскажет о всех подводных камнях.

Как классно быть хорошим налоговым консультантом, ему тюрьма за неуплату налогов точно не светит!

А чему вы удивляетесь?
Они НИ разу мне ещё не ответили по существу (и Минфин к стати то же). Я так понял у них установка, если вопрос не на 100% ясный, то жевать....... короче писать отписку, отвечать на не основной вопрос, а главный заданный игнорировать и т.п. Что бы если что, не отказаться крайними.

официальные разъяснения от Министерства финансов РФ вообще являются указивкой для налоговой или нет? На основе какого НПА это можно утверждать? В каком виде мне эти разьяснения хранить на случай выездной проверки (думаю нотариально заверенная копия вполне подойдёт) и где их брать кроме как писать в Минфин и ждать ответа?

Официальные разъяснения минфина лично ВАМ, для налоговой являются указивкой. И хранить их особо (до одури трясясь над ними и заверяя всё что можно у нотариуса) не надо. Копия этого разъяснения будет в вашем деле у НИ (с вероятностью 1000%) на своём экземпляре вы увидите пометку, что копия отправлена в вашу НИ.
НО вы зря надеятесь что это разъяснение будет в вашу пользу (особенно если вы его запросите в момент текущего налогового спора с вашей НИ). Повторюсь, они либо не ответят по существу, либо ответят вам "против".
У меня была ситуация.
Получился спор с НИ, они по камералке выставили недоплату, штраф, пеню.
Пока суть да дело (переписка с самой НИ, с вышестоящей- везде ответы ВЫ НАРУШИЛИ НК, - написал в Минфин за разъяснениями (хотя этих разъяснений про подобную ситуацию уже навалом), Ответ пришёл один в один с ответом моей НИ (они похоже прежде чем ответить списываются, и узнают что за проблема).
То что ответ минфина на 100% не правильный было понятно всем.
Подал в АС, судья почти хохотала (утрирую) над НИ от того какую глупость они затеяли. Представитель НИ на суде ссылался на то самое разъянение минфина как на высшее мнение для них. со словами "Вот ДАЖЕ Минфин ему разъяснил"
В итоге НИ побрили во всех инстанциях. И разъяснение Минфина (которое было против меня) ни кому не помогло и не помешало.

Тем более если разъянение (на которое вы будете ссылаться в споре) не лично вам, его вообще ни кто всерьёз принимать не будет, что оно есть, что его нет. Только у вас будет уверенность, что вы правы.
Так что если уверены в своем правоте, делайте как считаете нужным, доначислят- оспорите в АС.

и где их брать кроме как писать в Минфин и ждать ответа?

Где брать пояснения лично вам? только писать письмо (не обязательно бумажное, проще с их сайта отправить).
Если другим, то в инете или в правовых системах наверное.

Совет: не надо бежать впереди лошади.
После того, как вы такие вопросы задаете - ждите проверки по правильности начисления налогов.

Мы живем в СтРАНЕ, где пени и штрафы - составляют хорошую долю налоговых поступлений. И задача властьпридержащих -так написать - чтобы налогоплательщик ошибался и платил штрафы.

Пример: пенсионка... открываем закон о взносаах в пенсионный фонд.
Там 2-я или 3-я статья говорит о том, куда сколько нужно платить. Вопросы есть? Нет.
Заплатили, а вам пени и штраф выкатили.
Т.к. в конце этого закона есть приписка, что считать налог нужно по-другому.