Нужно, чтобы скрипт заносил в MySQL-таблицу строку из двух переменных, значения которых определялись бы auto_increment'ом первой. То есть первой присваивается значение и оно же пишется во вторую. Возможно ли такое без считывания базы после занесения первого значения?

В oracle делается триггером, в mysql подобного не находил. Так что или ставь oracle, или делай два запроса.

Если есть желание поизвращатся, то храни диапазон свободных полей(или максимальный номер) и тихо и спокойно заноси следующий свобродный одновременно в две таблицы.