Цель1: добиться редактирования HTML файлов через WEB интерфейс.

Решение1: содержимое файла заключается между тегами TEXTAREA, естественно, если в содержимом есть такие же теги, то после второго закрывающегося тега, дальнейший текст не отображается.

Цель2: добиться отображения любого содержимого в тегах TEXTAREA.
Решение2: Кодирование передаваемых данных

Как закодировать так, чтобы проблемм с кодировкой не было. Кодировал каждый отображаемый символ с помощью ASCII, но тогода возникают проблеммы с кодировкой у русских букв.

Пример на PERL.
while ( $line = )
{
my $buf = split ( // , $line );

for my $char ( @buf )
{
my $asccode = ord($char);
print "&#$asccode";
}

}

Может быть есть методы попроще?

Цель2: добиться отображения любого содержимого в тегах TEXTAREA.
Решение2: Кодирование передаваемых данных
Может быть есть методы попроще?

почему бы не сделать так же, как здесь (на НГС)?
(заменить знаки тэгов на другие: -> [html]).
Заменил -> вывалил в TEXTAREA -> отредактировал (читабельность остается) -> заменил обратно.
Ну и можно просто заменить то, чего боишься встретить ( -> ), но я бы не стал.

Не я уже выкрутился из ситуации. Вот:
Просто кодировать в ASCII только 2 символа < и >.