Сам видел, что Bat версии 3.0 при каждом выходе сжимает папки "Входящие", хотя во всех учетных записях там галочки "сжимать папку входящие" и "сжимать все папки при выходе " отключены. В чем может быть дело? читал, что подобное было в версиях 2.x, но тут-то третья!

Встречал в БАТ. Если папка хранения писем (будь то входящая или другая) сетевая, то БАТ её всегда сжимает положа на настройки. Локальные папки как настроено в настройках. Может поможет.

Сталкивался с этим тоже. Сейчас БАТ не использую, но помню что и как делал. Также снимал все галки для каждой учетки, но это не помогало.
Помню что нашел гдето в общих настройках программы (тоесть не в учетной записи почты ) и снял галку, которая отвечает за сжатие папок при выходе.