В общем планируем небольшое путешествие в Спб на поезде через Мск в конце июня в кол-ве двух человек
Планируем утром приехать в Мск, пробыть там двое суток, вечером на вторые сутки двинуть в Спб, отсюда первый вопрос: посмотрел по ржд.ру - приежаем мы на вокзал Мск Яр., а в Спб поезда отправляются уже с другого... можно ли отправиться в Спб с того же вокзала на который мы приедем из Нска? Если да, то какой это вокзал?
Второй вопрос: посоветуйте не дорогую гостиницу не далеко от этого вокзала на сутки.
Третьий вопрос - можно ли основной багаж оставить на вокзале в камере хранения на двое суток?

По мере решения текущих вопросов, будем двигаться дальше к Спб

Насколько я знаю, поезда в Питер отправляются только с Ленинградского вокзала. Камеры хранения есть и на Ярославском, и на Ленинградском вокзалах. На Ленинградском очень даже приличная. Сроки не ограничены, были бы деньги. Насчет гостиницы. Почему Вы собрались искать ее именно в районе вокзала? Из-за оставленных в камере хранения вещей, что ли? В Москве с транспортом проблем нет, метро работает исправно; тяжелых вещей, огранивающих Вашу мобильность, с Вами не будет.

приежаем мы на вокзал Мск Яр., а в Спб поезда отправляются уже с другого... можно ли отправиться в Спб с того же вокзала на который мы приедем из Нска? Если да, то какой это вокзал?

Вы совершенно наобум путешествовать собрались? Хотя бы карту Москвы и Питера чтоль купите, или в инете гляньте. От Ярославского вокзала до Ленинградского 3 минуты пешком.

Второй вопрос: посоветуйте не дорогую гостиницу не далеко от этого вокзала на сутки.

Аналогично - лезете в инет и ищите. Только не вижу смысла искать гостиницу именно на площади трех вокзалов. В чем проблема проехать от той же Измайловской минут 30 на метро?

Третьий вопрос - можно ли основной багаж оставить на вокзале в камере хранения на двое суток?

За Ваши деньги - от чего же нет. А почему не хотите в гостинице вещи оставить???

Ой, забыла Вам сказать, что Ленинградский и Ярославский вокзалы находятся рядом. Соседние здания.