Всем здрасте! Продаю мотоцикл. Покупатель изъявил желание при снятии с учета записать в птс другой цвет, даже готов собственноручно покрасить перед снятием. Как к этому отнесутся в ГАИ?

По собственному опыту перекраски и снятия авто.

Нет ни каких проблемм, только придётся написать объяснительную (Вам) с какой целью, где и кто перекрасил мотоцикл. Если на СТО, то справочку приложить к документам, если сам, то так и пиши, своими силами, у себя в гараже.
Применительно к авто конечно более пристрастно проводили сверку, обшарили весь автомобиль на предмет перебивки-переварки номеров (а вдруг краденная?).

А госпошлина существует на такие процедуры?

На какие процедуры? Платишь как за обычное снятие с учёта и всё.
Ещё госпошлин не хватало за то что свою машину покрасил хм...