"А если протокол левый или его еще не занесли в базу или еще что, то как привязать оплату со штрафом?"

в назначении платежа указать номер протокола вручную, либо заплатить кассиру 50 руб. за заполнение квитанции.

Я так оплачивала только полученный штраф в сбере. В этот же день. В базе его еще конечно не было. Сумма все-равно совпадает и номер протокола указан, квитанция есть, никаких вопросов у представителей власти не возникает. В любом случае в машине лежит копия протокола + оплаченная копия квитанции.