не надо сороковку, устанавливайте в брусок, он называется скользуном.
Нижняя часть коробки как правило делалась вместе с подоконником и по большей части как и верхняя нужна для распора

В брусок уже не получится, брусок установлен посредине бруса, а окно будет ставиться к внешней стороне, да и проемы уже выпилены с учетом установки доски.
По доскам так и не понял, верхняя вроде как защищает окно, если вдруг брус осел до нее и давит в доску, а она в вертикальные доски, а не в окно. А вот нижняя не пойму.
Снизу хватит зазора 2 см или больше резать, установщики настаивают на 5 см?

Хочу сверху оставить зазор 5 см (дом стоит с июня прошлого года). Снизу пару сантимов на пенный шов.

Ну я собственно так и поступил. Мне монтажники, где окна делал, ваще сказали не парься, прибей к брусу и все

Через пару лет все поймете