Тогда получается, что если закрывать одну из шахт, из второй должно перестать дуть. Но опять же, человек пишет, что дует из обеих шахт.

Наверное, обманывает :-)
Если при открытии окна начинает дуть правильно, это значит, что в квартире давление ниже, чем на улице. И получается, оно ниже, чем в одной из шахт (из которой тянет). Но засчет чего оно ниже? Куда уходит притекающий воздух? Через другую вентшахту (если только через какие-нибудь розетки не тянет к соседям, но это вряд ли)