В 1996 году ЗАО приобрело помещение, оно как и должно, зарегистрировано в учреждении юстиции, при этом использовался тех. паспорт 1996 года. В 2006 году ЗАО реорганизуется в ООО и соответственно появилась необходимость передать помещение в собственность ООО.
Возникла проблема, что в новом тех.паспорте за 2006 год полностью изменилась нумерация помещений и их площадь!
Что делать в этой ситуации? Какие документы нужно предоставить органу гос. регистрации, подтверждающие произощедшие изменения?

На мой неискушенный взгляд.
Нумерация - для госрегистрации предмет излишний, а вот площадь - вещь необходимая! Тут момент важный - было ли разрешение на перепланировку, оно выдается органами архитектурного надзора. Если не было, то м.б. сложности, так как такое помещение может быть признано самовольной постройкой, хотя оно вроде как и не строилось вновь..но такова юридическая формулировка. Тогда прямиком в суд, но тем не менее при этом придется получить заключения той же архитектуры, СЭС и т.п., что перепланировка не опасна для жизни, не нарушает норм и тырыпыры.. А если разрешение было, то ппредъявляете объект после реконструкции/перепланировки той же архитектуре, она выдает необходимые документы, подтверждающие легальность Ваших действий.
Примерно так.

Сейчас не нужно разрешение на перепланировку, юстиция примет факт перепланировки, но не примет факт Реконструкции. Реконструкции не было, т.е. этот вопрос отпадает.
БТИ не решает вопрос кому что принадлежит в этом здании, поэтому органам гос. регистрации (юстиции) потребуются планы, на которых указаны какие помещения нам принадлежат (под номерами и в графическом виде одновременно), а так как в новом тех.паспорте совсем другая нумерация, юстиция задает вопрос, что раньше были одни комнаты, а сейчас совсем другие! Вот!

Добавлю ремарку - такова практика в нашем городе в Кемеровской области. В выписке из техпаспорта, представляемом для регистрации, в таком случае делается пометка, за счет чего произошло изменение площади помещения и его конфигурации - в данном случае - за счет перепланировки.

К сожалению, в то время как в сфере регистрации прав более-менее стандартизированы действия и соответственно документы, образующиеся в процессе работы ФРС (на уровне федеральных законов, подзаконных актов на федеральном уровне (постановления Правительства РФ напр.), для органов техинвентаризации такого нет. Даже в пределах одного региона представляют разный набор техдокументации - у нас, например, поэтажный план и выписку из техпаспорта, в других - поэтажку с экспликацией. Вот.