Вводные такие:
у бабушки в собственности квартира более 3 лет, она дала доверенность сыну для продажи квартиры. Далее, предполагается вырученные деньги отдать внуку для покупки новостройки. Под какие налоги попадает семья?
Насколько я понимаю, если один человек продал-купил, то ему и вычеты и т.д.
А если разные члены семьи? Как оптимизировать?

Бабушка продает собственность - ей и налоги платить.
Внук покупает квартиру - ему и вычеты получать. Возможно так же его спросят "откуда деньги", но это весьма формально и без придирок, криминала-то нет, скрывать нечего.
Вроде нет закона, что бабушка не имеет права отдать свои деньги любому гражданину.

хотя если более 3-х лет в собствености - то вроде и налогов нет...

Если собств. более трех лет - то никаких налогов...