многие агентства имеют одинаковые вывески, а фактически даже не дают друг-другу свои варианты и предлагают платить двойную комиссию.
в какое лучше обратиться при необходимости продать жилье в Бердске и покупке с доплатой в Новосибе?

многие агентства имеют одинаковые вывески,...

У этих вывесок что одинаково: размер, цвет, шрифт?
Или все-таки название. Т.е., разные филиалы одного АН.

... а фактически даже не дают друг-другу свои варианты и предлагают платить двойную комиссию.

1). А почему риэлтор, занимающийся своим вариантом, кому-то должен его просто "отдавать"? Даже если это риэлтор за соседним столом, не говоря уже о др. АН.
2). Какая комиссия - одинарная, двойная, тройная... Зачем себе лишние раздумья?
Вам самое важное предстоит - квартиру выбирать.

3). Определите задачу риэлтору. Договоритесь о мин-мах доплате, включая услуги. А будет в сделке 1 риэлтор/АН или 2..., или 3... - это как "карта ляжет".

По логике в то, которое имеет филиал в Бердске.

И чем это сильно поможет? Продать, конечно, проще через бердское АН. Но продается, рано или поздно, все. Для ТС важнее будет подобрать вариант + плюс увязать его с продажей своей квартиры.

Ваш вариант?

1). Определится с местом, где ТС хочет жить.
2). Прикинуть доплату на обмен. Просчитать варианты откуда "будут" деньги.
3). Найти риэлтора/АН в городе, кто будет всем обменом заниматься.
4). Или найти 2-х риэлторов: один в Бердске(продажа), другой в Новосибирске(покупка). Однако, в этом случае, связной, в основном, будет ТС.

А зачем так сложно? В Бердске есть филиалы как минимум двух Новосибирских АН. И как минимум у одного из них единая база данных.