Это сделать технически можно.Но что Вы хотите "узаконить"? Вы представляете себе все последствия этого "узаконивания"? я сейчас не говорю об обьеме предстоящих работ- по реконструкции и бумажных. Но даже если все они будут благополучно завершены, нужно будет переделывать все документы- вместо 2-х квартир появится одна. Нужно будет получать судебное решение,аннулировать документы о праве на собственность 2-х квартир, получать в Мэрии адрес на одну новую квартиру, вносить изменения во ВСЕ документы, где у Вас эти самые два адреса обозначены. Совершенно реальная ситуация из практики: года два с половиной делали это с квартирами 2+3 на одной площадке. Сделали. Отпраздновали. Примерно через три года вновь пришли клиенты: "Дети выросли, попытались самостоятельно продать квартиру такую большую, не получается.Сделайте все назад!"
Если сейчас Вам просто по каким-то причинам удобно иметь внутренних вход между двумя квартирами - сделайте грамотный проект с адекватным усилением проема и ваяйте. Пока продавать не будете- будете жить так. А если соберетесь продать - легко будет все вернуть назад.